Christopher Wheeldon est né à Yeovil, Somerset, en Angleterre. Il a commencé sa formation à l'âge de huit ans à l'École de ballet d'East Coker. De onze à dix-huit ans, il fréquente l'École du Royal Ballet. En 1991, il se joint au Royal Ballet d'Angleterre, où il interprète des œuvres d'Ashton, MacMillan et Balanchine. Cette même année, il remporte la médaille d'or au concours du Prix de Lausanne. En 1993, il est invité à faire partie du corps de ballet du New York City Ballet, où il est promu soliste en 1998.
Parallèlement à sa carrière de danseur, M. Wheeldon a chorégraphié des œuvres pour le Boston Ballet, le Carolina Ballet, le Colorado Ballet, le Ballet de Hambourg, le New York City Ballet, le Royal Ballet, la Royal Ballet School, le San Francisco Ballet et la School of American Ballet, école officielle du New York City Ballet. M. Wheeldon fut l'un des chorégraphes à présenter de nouvelles œuvres dans le cadre du Diamond Project, lors de la saison de printemps de 1997 du New York City Ballet. Son ballet, Slavonic dances, sur une musique de Dvorak, fut présenté en première mondiale en juin 1997. En 1999, il a chorégraphié Scènes de ballets (Stravinsky), pour le Festival Stravinsky du New York City Ballet et les Workshop Performances de la School of American Ballet. Parmi les autres œuvres chorégraphiques de M. Wheeldon figurent L'oiseau de feu (Stravinsky), pour le Boston Ballet en 1999, Sea pictures (Elgar), pour le San Francisco Ballet, en 2000, Mercurial Manoeuvres (Shostakovich), pour le Diamond Project du New York City Ballet, au printemps 2000, de même que la séquence de ballet du long métrage Center stage, de Columbia Pictures, dirigé par Nicholas Hytner.
M. Wheeldon a mis fin à sa carrière de danseur en 2000 afin de se consacrer entièrement à la chorégraphie. Nommé premier artiste résident du New York City Ballet, il devint chorégraphe attitré en 2001, créant les ballets Polyphonia (Ligeti), dont la première eut lieu en janvier 2001 et Variations sérieuses (Mendelssohn), en mai 2001. Depuis lors, il a créé VIII (Benjamin Britten) pour le Ballet de Hambourg, en juillet 2001. M. Wheeldon a fait ses débuts sur Broadway avec la comédie musicale The sweet smell of success, dont la première eut lieu le 14 mars 2002. Il a bouclé un cycle de chorégraphie sur la musique de Ligeti avec la création de Continuum, pour le San Francisco Ballet, et Morphoses, pour le New York City Ballet. Parmi ses œuvres les plus récentes, mentionnons Tryst, sur une musique du compositeur écossais James MacMillan, pour le Royal Ballet, Carousel (Rodgers), Liturgy (Pärt) et le Carnaval des animaux (Saint Saëns), avec une narration originale de John Lithgow, qui sera bientôt porté à l'écran. En 2004, M. Wheeldon a créé et produit Le Lac des cygnes (Tchaikovsky) pour le Pennsylvania Ballet et présenté en première une œuvre de commande de James MacMillian, avec le New York City Ballet.
Avec le New York City Ballet, M. Wheeldon a figuré dans plusieurs œuvres du répertoire et tenu des rôles principaux dans Chaconne, Divertimento no. 15, Donizetti variations, The four temperaments, A midsummer night's dream, The Nutcracker (Spanish et Candy Cane) et Scotch symphony, de George Balanchine, The sleeping beauty (Europe), de Peter Martin et The concert, Dances at a gatherin, The Goldberg variations et 2 & 3 Part inventions, de Jerome Robbin. M. Wheeldon a aussi créé des rôles dans Brandenburg et West side story suite, de Robbin, Reliquary, Swan lake et Symphonic Dances, de Peter Martin, La stavaganza, d'Angelin Preljocaj et Episodes & sarcasms, de Richard Tanner.
Christopher Wheeldon a remporté de nombreux honneurs pour ses chorégraphies, y compris le prix Mae L. Wien de la School of American Ballet (1996), le prix Martin E. Segal du nouveau chorégraphe le plus prometteur au Lincoln Center (1997), le prix Brendan Gill de la Municipal Art Society de New York pour Mercurial manoeuvres (2001), et le prix de la critique londonienne pour la meilleure nouvelle chorégraphie - Polyphonia (2001). Il a reçu le prix de la New York Public Library (2002) et le prix Lawrence Olivier pour Polyphonia, de même que celui du Festival international d'Edimbourg (2003) pour une sélection de ses œuvres comprenant There where she loved (Chopin/Weill), Continuum et la première de Rush (Martinu), présentée par le San Francisco Ballet.